今回の事件の主な問題点は以下の３点。
1　飛騨牛と表示できない二等級の肉を三等級に混ぜた『等級偽装』
2　消費期限を引き延ばす『加工日の改ざん』
3　愛知県産を岐阜県産とした『産地偽装』
いずれも食品表示などを定めた「日本農林規格法(JAS法)」や牛の生産履歴を管理する「牛肉トレーサビリティー法」に抵触します。

牛肉トレーサビリティー法
「牛肉トレーサビリティー法」とは食品がいつ、どこで作られ、どのような経路で食卓に届いたかという生産履歴を明らかにする制度です。2001年に国内初のＢＳＥ感染牛が発見されたのを契機に食の安全を守る方法として、農水省がすべての国内牛に耳標を付け、生産地から食肉処理場までの履歴を管理できるようにしました。(トレーサビリティーとはtrace(追跡)とability(できること)とを組み合わせた合成語)
食の安全を脅かす事件が多発したことを契機に、政府は消費者の信頼回復のため、農産・畜産物などに同制度の適用を検討し、BSEの発生に対応して2003年、牛肉トレーサビリティー法が成立しました。
すべての牛には出生時に個体識別番号が付けられ、インターネット検索でも牛の履歴(飼料や衛生管理実績を含めて)が分かるようになりました。
04年には店頭で販売される牛肉すべてに、識別番号を付けることが義務化。しかし、固体識別番号から産地、生産者などは分かるが等級までは特定することができませんでした。これが今回の偽装の原因となる死角になりました。