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【この説明はあくまでも、新世紀エヴァンゲリヲン内での設定（フィクション）のお話です。】
２０００年９月１３日に発生した「セカンドインパクト」、および同９月２０日の新型爆弾の攻撃により首都東京は壊滅した。その復興を断念した日本臨時政府は、長野県松本市を暫定的なしゅととして第２東京市と改称して遷都した。
その後、２００４年に国会で「第二次遷都計画」が承認され、将来の新首都よして芦ノ湖北岸（神奈川県足柄下郡箱根町仙石原地籍付近）に第３東京市が建設された。最終的には第３東京市へ遷都される予定になっている。
■規模
都市としての規模や人工・財政は、現在の東京都２３区よりかなり小さい第３新東京市の中心市街地は仙石原周辺に限定されているが、行政範囲については明確にされていない。仙石原を中心に半径３キロの地下にジオフロントが広がっており、箱根山外輪山を越えて一部は御殿場市にまで達している。そのため、御殿場市の一部も第３新東京市に含まれていると思われる。ジオフロント内の地下居住区も行政上は第３新東京市に所属する。なお、芦ノ湖南岸は神奈川県足柄下郡旧箱根町となっている。第３新東京市の住人は、ＮＥＲＶ勤務者とその家族などの関係者に限定されている。
■交通機関
　第３新東京市周辺には多くの交通機関がある。このうち鉄道は劇中に多く登場する。
テレビアニメ版では第３新東京市環状第７号線というリニア式モノレールが登場する。このモノレールにはＪＲのロゴが貼り付けられている。車両は通常の湘南食である。
　また小田急電鉄の特急ロマンスカー（Ｈｉｓｅ）や箱根登山鉄道も走っている。テレビアニメ版では新箱根湯本駅までリニア式小田急ロマンスカーが敷設されており、第３新東京市と新厚木間を結ぶ政府専用特別急行列車が運行されている。

このような設定で新世紀エヴァンゲリヲンと箱根町は密接な関係にあります。